Açık Kaynak Makale

Son zamanlarda, akademik camiada açık erişim konusu sıkça tartışılır oldu. Bilmeyenler için açık erişimin tartıştığı iki ana nokta var:

İlki yayıncıları hedef alıyor: İnternetle artık insanlara ulaşmak bu kadar kolaylaşmışken, akademisyenler yayınlarını dağıtmak için hala neden aracılara (yayıncı kuruluşlara) ihtiyaç duyuyor. Üstelik bu aracılar yayınların hazırlanması ve hakem kontrolü sürecinde pek de bir emek vermezken, neden üniversiteler bu yayınlara her yıl tonla üyelik parası ödüyorlar? Bazı dergiler açık erişim şeçeneği sunuyor, anca dalga geçer gibi fahiş fiyatlar istiyor. En son bir makale için 3000$ hesap çıkarmışlardı. Aşağıdaki video bu çıkar döngüsünü oldukça güzel özetlemiş.

 

• İkinci noktada ise akademisyenlere iş düşüyor. Gene internetle bilgi paylaşmak bu kadar kolaylaşmışken, neden sadece 5-6 sayfalık pdf dosyalarını paylaşıyoruz? Kullandığımız verileri, programları paylaşmadıktan sonra bir araştırma tekrarlanabilir (ve doğrulanabilir) olur mu? Ya da yaptığımız işleri paylaşırsak, birlikte çok daha güzel işler çıkmaz mı? Tekerleği tekrar tekrar icat etmenin bir mantığı var mıdır? 

Neyse bu yazıda makalelerinizi ve verilerinizi nasıl paylaşabileceğinizden bahsedeceğim. Eğer açık erişim konusunda daha fazla fikir sahibi olmak istiyorsanız, aşağıdaki güzel yazıları okuyabilirsiniz.

• Akademik Bahar Hareketi
• Bilimsel veri ve yazılım paylaşımı 
• Tekrarlanabilir araştırma
• Bilimsel makalelerin ekonomisi(1) 2.Kısım  
• Açık erişim nedir?
• Open Access Movement
• Reinventing the Academic journal
• Directory of Open Access Journals
• Open Research Network

Makale:

Eylül ayındaki bir konferans için bir makale hazırladım. Makalenin pdf haline şu linkten ulaşabilirsiniz. Makale tez konumla doğrudan alakalı olmasa da çalıştığım projeyle ilgili, rüzgar türbinlerindeki  belli başlı parçaların ağırlık ve verimlilik hesaplamaları için birkaç denklem sunuyorum.  Tabi ne akademiden ne de şirketlerden kimse pek bilgi paylaşımı olmadığı için verileri toplamak biraz uğraştırdı. Sonra bu verileri,  basit bir arayüzle biraz daha kullanılabilir hale getirdim.

Daha sonra tez danışmanımla bu programı ve verilerimi açık kaynak olarak paylaşmak istediğimi konuştum. Önce kaşlarını kaldırarak , biraz da ne gerek var böyle işlere diyerek dinlese de sonunda ikna oldu. Hatta açık erişim olayı ilgisini çekmiş olacak ki, daha sonra diğer makalelerimizin verilerini de paylaşabileceğimi söyledi.

 Veri Paylaşımı:

Makalemi ve verilerimi paylaşmak için ilk iş GitHub'da ayrı bir hesap açtım. GitHub ücretsiz versiyon kontrolü hizmeti veren, çok güzel bir site. Versiyon kontrolü nedir diye soruyorsanız önce şu yazılara göz atabilirsiniz:

• Akademisyenin İnternet Rehberi: Döküman Yönetimi
• Versiyon kontrol sistemleri
• Sürüm kontrolü hakkında (Git)

Bu yazılarla yeterince vurgulayabildiğimi düşünmüyorum, tekrar edeyim.

Versiyon kontrolü sistemleri hem verilerinizi organize etmek hem de başkalarıyla paylaşmak için çok faydalı bir araçtır. Ayrıca, sizi yedekleme stresinden ve dokümanları senkronize etme derdinden de kurtarır. Şimdiye kadar kime bu sistemi gösterdiysem tepkileri değişmedi. İlk tepki: 'Ya ne gerek var buna, paylaşmak gerekince mail atıyorum, yedeklemek gerekince flash-diske kaydediyorum.'  Birkaç hafta sonra kullanmaya alışınca: 'Ya ne güzel bir şeymiş bu, ben versiyon kontrolü olmadan bu kadar vakit nasıl çalışmışım?'

Başlamak için hemen GitHub'da hemen bir hesap açabilirsiniz, üstelik okul mailinizi kullanarak açarsanız ücretsiz özel depolama alanı da oluşturabilirsiniz. GitHub hakkında bilgi için aşağıdaki yazılara göz atabilirsiniz.

• GitHub nedir?
• GitHub kurulumu
• CodeSchool-Try Git 
• GitHub guide 

GitHub'ı terminal üstünden kullanmak zorunda da değilsiniz, aşağıdaki programlardan beğendiğinizi kurup, güzel bir arayüzle çalışabilirsiniz.

• Git için programlar
• GitHub Windows
• SourceTree

Artık istediğiniz kodu, dokümanı ya da veriyi herkesle rahatça paylaşabilirsiniz. Bilgisayarınızdaki dosyaları değiştirdikten sonra GitHub'a yükleyebilir, dosyalarınızın tüm geçmiş versiyonlarına rahatça ulaşabilirsiniz.

Yazım Süreci:

Daha sonra makalem için GitHub'da bir alan oluşturdum, ve makaleyi orada yazmaya başladım. Makaleyi yazarken LaTeX kullanmanızı şiddetle tavsiye ederim. Böylelikle, makalenizi düz metin dosyasıyla hazırlayabildiğiniz gibi resim ve grafiklerinizi de ayrıca paylaşabilirsiniz. Eğer LaTeX'e ısınamadıysanız Markdown'a da bir göz atabilirsiniz.

Ben makalemi LaTeX ile grafiklerimi de R ve Rstudio kullanarak hazırladım. Rstudio'nun bir avantajı doğrudan versiyon kontolünü desteklemesi (bakınız: RStudio ile versiyon kontrolü ), böylelikle başka hiçbir program kullanmadan verilerimi ve grafiklerimi R ile oluşturup, GitHub'la eşleştirebildim.

Tabi burada R'ın harika bir eklentisinden de bahsedeyim: Knitr

Knitr ile R kodlarınızı ve grafiklerinizi doğrudan LaTeX (ya da markdown) dokümanınızın içine gömebilirsiniz. Böylelikle verilerinizi güncellediğiniz zaman, grafikleriniz ve sonuçlarınız otomatik güncellendiği bir PDF (ya da html) dosyası ele edebilirsiniz. Tekrarlanabilir araştırmalar için harika bir araç. Ayrıca sizi birçok angarya işten de kurtarabilir mesela, değişik veri setleriyle aynı şablonu kullanarak, deney raporları hazırlamanız gerekiyorsa. Aşağıdaki bağlantılar daha fazla fikir verecektir:

• Knitr
• Interactive reports in R with knitr and RStudio
• R Markdown 
• Getting started with knitr, Markdown 
• Reproducible reports
• A love story with R, LaTeX and knitr

Ayrıca hazırladığınız dokümanları tek tıkla web sitesi olarak RPubs adresinde yayınlayabilirsiniz ve hatta Shiny eklentisiyle web uygulamaları da oluşturabilirsiniz (planım bu makale için oluşturduğum Matlab arayüzünü Shiny'e aktarmak ama henüz vakit bulamadım).

Eğer R'a ısınamayıp Python kullanıyorsanız da IPython Notebook'a göz atmanızı tavsiye ederim. Aşağıdaki linkler de LaTeX'in içine Python kodu gömmekle ilgili fikir verecektir.

• İlginç IPython Notebook örnekleri
• IPython Notebook
• Embedding Python in LaTeX
• SympyTex
• Python inside LaTeX
• IPython vs knitR

Son Söz:

'Dijital yayıncılık devrimi' lafını şu sıralar sıkça duymaya başladık, bu devrimde akademi için de çok faydalı araçlar var. Bu yazıda versiyon kontrolü sistemlerini vurguladık. Ancak verileriniz paylaşmak için bu yazıdaki araçların hiçbirine ihtiyacınız yok.

Makalelerinizde kullandığınız verileri ve modelleri web sitenize ya da Dropbox klasörünüze koyup paylaşmak, hatta yaptığınız sunumlarda kullandığınız verileri isteyenlerle paylaşabileceğinizi söylemek bile, daha açık bir bilim için payınıza düşeni yapmanızı  sağlayacaktır.

Zaten bence asıl zorluk işin teknik boyutundan ziyade, 'Paylaşırsam, verilerim çalınır!' korkusunu yenmek. Ancak bu korku hele de yıl 2013 olmuşken oldukça yersiz. Verilerinizi ve modellerinizi açık erişim yaparak, bilimsel inandırıcılığını kat be kat arttıracağınız gibi, akademik camiada hiç ummadığınız bağlantılar da kazanabilirsiniz. Üstelik açık erişim, yaptığınız yayının etki faktörünü de artırabilir.

Ben, bundan sonra yayınlayacağım hem makaleninin verilerini paylaşacağım diye kendime söz verdim, aha buraya da yazıyorum, bakalım ne kadar devam ettireceğim.


Eğer sizin kullandığınız başka yöntemler ya da konuyla ilgili düşünceleriniz varsa, yorumlarınızı beklerim.

Bir Makaleyi Nasıl Okumalı?

İsmail gene güzel bir iş yapmış ve  S. Keshav'ın "How to Read a Paper" isimli çalışmasını Türkçe'ye kazandırmış. İzniyle burada da yayınlıyorum. Yazının orjinal çevirisine şu adresten ulaşabilirsiniz.

Özetçe

Araştırmacılar, makale okumaya çok fazla zaman harcarlar. Lakin, bu beceri nadiren öğretilir, ve onca çaba boşa harcanır. Bu yazı, kullanışlı ve verimli bir üç-geçişli makale okuma yönteminin anahatlarını vermektedir. Yazıda, bu yöntemin literatür taraması yapmak için nasıl kullanılacağı da anlatılmaktadır.

Giriş

Araştırmacılar çeşitli sebeplerle makale okurlar: Bir konferans veya ders için onları değerlendirmek, alanlarında güncel kalmak veya yeni bir alanın literatür taramasını yapmak. Tipik bir araştırmacı makale okumaya her yıl yüzlerce saat harcar. Makaleyi verimli bir biçimde okumak kritik öneme sahip bir beceridir, fakat nadiren öğretilir. Dolayısıyla, yeni başlayan lisansüstü öğrencileri bunu kendi kendilerine deneye yanıla öğrenmek durumunda kalır. Öğrenciler bu süreçte çok zaman harcarlar ve sıklıkla boşuna uğraşmış olurlar. Verimli bir biçimde makale okumak için yılardır basit bir yöntem kullanıyorum. Bu yazı, 'üç-geçişli' yaklaşımı ve onun literatür taramadaki kullanımını anlatmaktadır.

Üç-Geçişli Yaklaşım

Kilit fikir şu: Makaleyi baştan sona bir geçişte detaylıca okumak yerine üç geçişte okumalısınız. Her geçiş belli hedefleri tamamlar ve bir öncekinin üstüne inşa edilir. İlk geçiş makale hakkında genel bir fikir verir. İkinci geçiş makalenin içeriğini kavramanıza yardımcı olur, fakat ayrıntıları içermez. Üçüncü geçiş makaleyi derinlemesine anlamanızı sağlar.

İlk Geçiş

İlk geçiş makalenin kuşbakışıyla hızlıca bir taranmasıdır. Sonraki geçişleri yapıp yapmaya da karar verebilirsiniz. Geçiş yaklaşık beş-on dakika kadar almalıdır ve şu adımları içerir:

1. Başlığı, özetçeyi ve girişi dikkatle okuyun
2. Kısım ve alt-kısım başlıklarını okuyun, fakat diğer her şeyi göz ardı edin
3. (Eğer varsa) matematiksel içeriğe altta yatan teorik temelleri belirlemek için kabaca göz atın
4. Vargıları okuyun
5. Kaynakçaya kabaca göz atın, daha önceden okuduklarınızı aklınızdan işaretleyin

İlk geçişin sonunda beş C’ye cevap verebilir durumda olmalısınız:

1. Kategori (Category): Bu makalenin türü nedir? Ölçüm makalesi mi? Mevcut bir sistemin analizi mi? Bir araştırma prototipinin açıklaması mı?
2. Bağlam (Context): Diğer hangi çalışmalarla bağlantılı? Problemin analizi için hangi teorik temeller kullanılmış?
3. Doğruluk (Correctness): Varsayımlar geçerli görünüyor mu?
4. Katkılar (Contributions): Makalenin ana katkıları neler?
5. Anlaşılıklık (Clarity): Makale iyi yazılmış mı?

Bu bilgiyi kullanarak daha fazla okumamayı seçebilirsiniz (ve boşuna çıktı almayarak ağaçları kurtarabilirsiniz). Bunun sebepleri makalenin ilginizi çekmemesi, makaleyi anlayabilmek için ilgili alanda yeterli bilgiye sahip olmamanız veya yazarların geçersiz varsayımlar yapmış olması olabilir. Araştırma alanınızda olmayan makaleler için ilk geçiş yeterlidir, fakat ileride bir gün ilginizi çekebilir. Bu arada, bir makale yazarken çoğu hakemin (veya okurun) makaleniz üzerinde bir geçiş yapacağını bekleyebilirsiniz. Kolayca anlaşılır ve uyumlu kısım ve alt-kısım başlıkları kullanmaya özen gösterin, kısa ve kapsamlı özetçeler yazın. Eğer bir hakem ilk geçişte makalenin anafikrini alamazsa, makaleniz büyük ihtimalle reddedilecektir; eğer bir okur makalenizin önemli noktalarını beş dakika sonunda anlayamamışsa makaleniz büyük ihtimalle hiç okunmayacaktır.

İkinci Geçiş

İkinci geçişte makaleyi büyük bir özenle okuyun, fakat ispat gibi ayrıntıları göz ardı edin. Okurken kilit noktaların altını çizmek veya kenar boşluklarına notlar almak yardımcı olacaktır. Özellikle, Augsburg Üniversitesi’nden Dominik Grusemann’ın dediği gibi “anlamadığınız terimleri veya yazara sormak isteyeceğiniz soruları not etmek isteyebilirsiniz”.

1. Makaledeki şekillere, diagramlara ve çizimlere dikkatlice bakın. Grafiklere özel dikkat ayırın. Eksenler uygun olarak isimlendirilmiş mi? Sonuçlar hata çubukları ile gösterilmiş mi, dolayısıyla sonuçlar istatistikî olarak önemli mi? Bu tür yaygın hatalar aceleye getirilmiş, baştan savma çalışmaları gerçekten dört dörtlük olanlardan ayıracaktır.
2. Önceden okumadığınız kaynakları daha sonra okumak üzere işaretlemek hatırınızda bulunsun (bu, makalenin arkaplanını daha iyi öğrenmek için iyi bir yoldur).

İkinci geçiş bir saat kadar alabilir. Bu geçişin ardından makalenin içeriğini kavramış olmalısınız. Makalenin asıl atılımını -destekleyici bulgularla- bir başkasına özetleyebilmelisiniz. Bu ayrıntı seviyesi uzmanlık alanınızda olmayıp da ilgi duyduğunuz bir makale için uygundur.
Bir makaleyi bazen ikinci geçişin sonunda dahi anlayamayacaksınız. Bunun sebebi, aşina olmadığınız terimler ve kısaltmalar yüzünden konuda yeni olmanız olabilir. Ya da yazarlar anlamadığınız bir ispat veya deneysel yöntem kullanmış olabilirler, böylece makale toptan anlaşılmaz. Makale doğrulanmamış varsayımlar ve sayısız göndermelerle kötü yazılmış olabilir. Veya sadece gecenin geç vakti olmuştur ve yorgunsunuzdur. Şu anda üç seçeneğiniz var: (a) kariyerinizde başarılı olmak için bu makaleyi anlamanız gerekmeyeceğini ümit ederek makaleyi bir kenara bırakın, (b) -belki de arkaplan bilgisini edindikten sonra- makaleye ileride tekrar dönün veya (c) azmedin ve üçüncü geçişe devam edin.

Üçüncü geçiş

Bir makaleyi tümüyle anlamak için -özellikle hakemseniz- üçüncü bir geçiş gerekir. Üçüncü geçişin temeli makaleyi adeta sanal olarak yeniden gerçeklemektir. Yani, yazarların varsayımlarını yaparak çalışmayı yeniden üretmektir. Bu yeniden üretimi asıl çalışma ile karşılaştırarak makalenin yeniliklerini kolayca görmekle kalmaz, gizli kalmış eksikliklerini ve varsayımlarını da  tespit edebilirsiniz.
Bu geçiş ayrıntılara büyük dikkat gerektirir. Her açıklamadaki her varsayımı saptayıp sorgulamalısınız. Üstelik, belirli bir fikri kendinizin nasıl sunacağı hakkında düşünmelisiniz. Gerçekteki ile yapılan bu karşılaştırma makaledeki kanıtlara ve sunum tekniklerine keskin bir kavrayış sağlar ve çok büyük ihtimalle araç repertuarınıza bu çalışmayı da ekleyebilirsiniz. Bu geçiş esnasında, gelecek çalışmalar için aklınıza gelen fikirleri de not etmelisiniz.
Yeni başlayanlar için bu geçiş dört ya da beş saat kadar, deneyimli bir okur için ise bir saat kadar sürer. Bu geçişin sonunda makalenin tüm yapısını ezberden yapabilmeli, güçlü ve zayıf yanlarını tespit edebilmelisiniz. Özellikle üstü kapalı varsayımları, ilgili çalışmalara olan eksik kaynakları, deneysel ve analitik yöntemlerdeki sorunları saptayabilmelisiniz.

Geçişler arası zamanlama

Queen Mary Üniversitesi’nden Andrew Simpson’ın yazdığına göre: “Süreç en iyi şekilde her aşama arasında yeterli zaman bırakıldığında işler. Örneğin, ben genellikle yüksek sayılarda makaleyi toplarım, okurum (10 dakikalık hızlı ilk okuma) ve sonra belki haftalar sonra ikinci okuma için dönerim. Son olarak, birkaç hafta ya da aylar sonra yeniden döner ve önceden yapmadığım son yararlı kavrayışı yapabileceğimi bulurum.”
Bu yaklaşımla hemfikirim. Tabii, makale değerlendirme son günü yakınken çok da yararlı olmayabilir!

Literatür Taraması Yapmak

Makale okuma becerisi literatür taraması yaparken test edilir. Belki de size yabancı olan bir alanda onlarca makale okumanız gerekir. Hangi makaleleri okumalısınız? Yardımcı olması için üç-geçişli yaklaşımı nasıl kullanabileceğinize bakalım.
Öncelikle Google Akademik veya CiteSeer gibi akademik arama motorlarını kullanın ve iyi seçilmiş anahtar sözcüklerle üç-beş arası makale bulun. Çalışma hakkında bir his edinmek için her makale üstünden bir kez geçin ve ardından makalelerdeki ilgili çalışmalar bölümünü okuyun. Yakın zamanda yapılan çalışmalar hakkında özet bilgi elde edeceksiniz, şanslıysanız belki de yakın zamanlı bir inceleme (survey) makalesi bulursunuz. İncelemeyi okuyun ve şansınızdan dolayı kendinizi tebrik edin.
Aksi halde, ikinci adımda, ortak atıfları ve kaynakçada tekrarlanan yazar adlarını tespit edin. Bunlar o alandaki anahtar makaleler ve araştırmacılardır. Anahtar makaleleri indirin ve bir yana koyun. Sonra anahtar araştırmacıların İnternet sitelerine gidin ve en son çalışmalarını nerede yayınladıklarına bir göz atın. Bu sayede o alandaki en gözde konferansları öğrenebilirsiniz, çünkü en iyi araştırmacılar genellikle en gözde konferansları seçer.
Üçüncü adım bu gözde konferansların İnternet sitelerine gidip son makalelerin üstünden geçmek olacak. Hızlı bir  tarama genellikle yakın zamanda yapılmış yüksek kaliteli ilgili makaleleri ortaya koyar. Bu makaleler, kenara koyduğunuz önceki makalelerle birlikte incelemenizin ilk sürümünü oluşturur. Bu makaleler üstünde iki geçiş yapın. Hepsinin atıfta bulunduğu anahtar makale varsa onu okuyun. Gerektikçe bu şekilde ilerleyin.

Yararları

Bu yaklaşımı geçtiğimiz 22 yıl boyunca konferans bildirilerini okurken, değerlendirme yazısı yazarken, arkaplan araştırması yaparken ve tartışma öncesi makaleleri hızlıca değerlendirirken kullandım. Bu disiplinli yaklaşım beni öncelikli yapılan bir kuşbakışı ile detaylar içinde kaybolmaktan alıkoyuyor. Birtakım makaleleri ne kadar sürede okuyacağımı tahmin etmemi sağlıyor. Ek olarak, makaleyi ne kadar derinlemesine değerlendireceğimi ihtiyacıma ve mevcut zamanıma göre ayarlayabiliyorum.

İlgili Çalışmalar

Değerlendirme amacıyla bir makale okuyorsanız Timothy Roscoe'nun “Writing reviews for systems conferences” isimli makalesini de okumalısınız [3]. Teknik bir makale yazmayı düşünüyorsanız Henning Schulzrinne kapsamlı İnternet sitesine [4] ve George Whitesides'ın tanıttığı sürecin mükemmel akışına [5] başvurabilirsiniz. Son olarak, Simon Peyton Jones’ın araştırma becerileri ile ilgili tüm spektrumu kapsayan sitesine bakabilirsiniz [2].
Psychology Inc’ten Iain H. McLean, deneysel psikoloji alanındaki makaleler için üç-geçişli yaklaşım kullanmayı kolaylaştıran indirilebilir bir “değerlendirme matrisi“ sunmaktadır [1]. Başka alanlar için de küçük değişikliklerle uygulanabilir.

Bir Rica

Gelen yorumlara göre güncelleyerek bu dokümanı yaşayan bir doküman olarak tutmak istiyorum. Bir dakikanızı ayırıp bana her türlü yorum veya önerilerizi gönderirseniz çok sevinirim.

Teşekkür

Bu dokümanın ilk taslağı öğrencilerim Hossein Falaki, Earl Oliver ve Sumair Ur Rahman tarafından hazırlandı. Kendilerine çok teşekkür ederim. Ayrıca Christophe Diot’un zekice yorumlarından ve Nicole Keshav'ın kartal-gözlü düzeltilerinden çok yararlandım.
Yıllar içinde teşvik edici geri bildirimlerini esirgemeyen birçok kişiye teşekkür ederim.
Bu çalışma National Science and Engineering Council of Canada, the Canada Research Chair Program, Nortel Networks, Microsoft, Intel Corporation ve Sprint Corporation tarafından desteklenmektedir.

Kaynakça

[1]   I.H. McLean, “Literature Review Matrix,” http://psychologyinc.blogspot.com.
[2]   S. Peyton Jones, “Research Skills,” http://research.microsoft.com/en-us/um/people/simonpj/papers/giving-a-talk/giving-a-talk.htm.
[3]   T. Roscoe, “Writing Reviews for Systems Conferences,” http://people.inf.ethz.ch/troscoe/pubs/review-writing.pdf.
[4]   H. Schulzrinne, “Writing Technical Articles,” http://www.cs.columbia.edu/~hgs/etc/writing-style.html.
[5]   G.M. Whitesides, “Whitesides' Group: Writing a Paper,” http://www.che.iitm.ac.in/misc/dd/writepaper.pdf.

Google Reader Alternatifi: RSS Okuyucuları

Evet, sonunda Google, Reader'ı da kapatmaya karar verdi. Gerçi, son zamanlarda Google, Google+ uğruna o kadar çok hizmeti kapattı ki bunun da olacağı belliydi. Zaten Google Reader mantığı gereği, Google'ın market planına da baya tersti (unuttuysanız, evet Google kar amacı güden bir şirket). RSS'le kaydettiğiniz sitelere ulaşırken ne Google'da arama yapıp Google reklamı görüyürsunuz, ne de okuduğunuz sitedeki reklamları görüyorsunuz, yani Google'ın ekmeğiyle oynuyorsunuz (bakınız Google'ın Adblock'u Android marketten kaldırması).  Her neyse bu da bize açık kaynak araçların değerini hatırlatan bir ders olsun (bu konuda çok güzel bir yazıya Ahmet'in blogundan ulaşabilirsiniz). Ayrıca son bölümde ben de kendi adıma bir liste oluşturdum.

Şu ana kadar bilgisayar başından RSS okuma programı olarak Lightread'ı kullanıyordum (bakınız: favori RSS okuyucum). Ama malesef, Lightread'da arkaplanda Google reader'ı kullanıyordu. Bakalım onlar nasıl bir yol izleyecek?

Google Reader sonrası için iki seçeneğiniz var: web uygulamaları ve masaüstü programları.

Web Uygulamaları

Web uygulamalarıyla, aboneliklerinize bilgisayardan, cepten, tabletten ulaşması çok kolay. Ama bu uygulamalar da genelde kapalı kodlu, şirketler tarafından geliştirilen uygulamalar. Onlar da haklı sonuçta bu işin bir sunucu masrafı, bandwidth sorunu filan da var. Diğer yandan, ileride şirket iflas ederse ya da parasız uygulamaya son verirse filan gene ayazda kalma ihtimali de var.

Feedly: 

Firefox ve Chrome için web tarayıcı eklentisi, android ve ipad uygulaması da var. Arayüzü güzel duruyor, baya da hayranı varmış gördüğüm kadarıyla. Ancak, şimdiye kadar Google Reader altyapısı kullanıyormuş, bundan sonra ne yol bulacaklar bilmiyorum. Verileri dışa aktarma konusunda ikna olursam kullanmayı düşünüyorum.

MsgBoy: 

Açık kaynak bir web uygulaması. Açık kaynak olması büyük bir avantaj olsa da. Şimdilik sadece Chrome uygulaması var. Eğer Chrome kullanıyorsanız, güzel bir aday. Google Reader'dan verilerinizi de aktarabilirsiniz.

NewsBlur: 

Eğer bedava versiyonu işinizi görürse (64 siteye kadar) ya da ayda 1$ öderim diyorsanız, arayüzü ve işlevi en geniş web uygulamalarından birisi. Gerçi, şu anda bedava üyelikleri durdurmuş durumdalar, ya yoğunluktan geçici olarak ya da fırsat bu fırsat Google Reader'dan gelenleri söğüşleyelim mantığıyla.

TheOldReader: 

Eğer basit ve GoogleReader benzeri bir arayüz istiyorsanız, bu siteye de bakabilirsiniz. Gerçi son bir günde kullanıcı sayıları 7 kat artmış ve yoğunluktan biraz başları ağrımış gibi duruyor, bakalım ilerleyen günlerde hala bedava hizmet vermeye devam edebilecekler mi.

Flipboard: 

Eğer aboneliklerinize sadece tablet ve telefonunuzdan ulaşmak istiyorsanız, flipboard gözüme çarpan en iyi uygulamalardan.

Masaüstü Uygulamaları

Masaüstü uygulamalarında açık kaynak seçeneği daha fazla. Ama sadece bilgisayar başından okumak açıkcası bana pek çekici gelmiyor.
Lightread hoşuma giden bir seçenek, ama Reader kapanınca ne yapacaklarını açıklamadılar.
Onun dışında eski dost Thunderbird'de bir seçenek. Ama çalışırken ping ping diye gelen blog uyarıları benim dikkatimi dağıtıyor, ondan bu fikre pek ısınamadım açıkcası.

Linux kullanıcıları için Liferea seçeneği de var (KDE'ciler için de Akregator).Windows kullanıcıları için FeedDemon vardı ama Google Reader kapanınca, o da kapatıyomuş dükkanı. Apple kullanıcıları içinse Reeder değerlendirilebilir.

Kısaca

Açıkcası gördüğüm daha ortalık baya bulanık. İlerleyen günlerde çoğu site kullanım koşullarını filan değiştirecektir. Muhtemelen yeni siteler programlar da göreceğiz  (Mesela Digg'de yakında bir reader çıkaracakmış). Onun için ben şahsen biraz suların durulmasını bekleyeceğim. Nasılsa, 1 Temmuz'a kadar vakit var.

Eğer illa hemen Google Reader'dan kurtulmak istiyorsanız. Feedly en iyi seçenek gibi duruyor. Google'dan datalarınızı almak için görece şeffaf bir yol izliyor. Google Takeout sitesinden reader arşivinizin bir yedeğini alabilirsiniz.

Açıkcası ben Google Reader'ı doğrudan aktarmayı planlamıyorum, çünkü son zamanlarda reader hesabımdaki takip edilen site sayısı oldukça arttı. Şu sıralar da biraz yoğunluktan herşeyi okuyamıyorum ve sık kullanılanlarımdaki "işe yarayabilir", "vakit oldukça oku" klasörüm gitgide kabarıyordu. Fırsat bu fırsattır deyip, sıfırdan bir liste oluşturmayı planlıyorum.

Tabi diğer bir seçenek de RSS seçeneğinden komple kurtulup, twitter, facebook, haber sitelerinin paylaştığı linklerle de idare etmek. Ancak, bunu yaparken başkalarının etrafınızda oluşturduğu balonların içine hapsolmamaya dikkat etmekte fayda var.

Açık kaynak yazılım hedeflerim:

Tamamlananlar:

• Windows'dan MacOS'den kurtul, Linux'a geç.
• Microsoft Office'den kurtul (Open Office, LaTeX, Markdown).
• Outlook'dan Thunderbird'e geç.
• Internet Explorer, Chrome'dan Firefox'a geç.
• Matlab'dan kurtul ( R, Python, Octave).

Sıradakiler:

• Google Reader'dan kurtul.
• Asuyatuyolar'ı Google Blogger'dan kurtar.
• Gmail'den kurtul.
• Mendeley 'den Zotero'ya geç.

 Faydalı Yazılar:

• http://www.marco.org/2013/03/14/baby-steps-replacing-google-reader
• https://news.ycombinator.com/item?id=5373538
• http://bryanalexander.org/2013/03/14/going-beyond-google-reader-rip/
• http://reviews.cnet.com/8301-19512_7-57574201-233/google-reader-is-dying-but-we-have-five-worthy-alternatives/
• http://www.popsci.com/technology/article/2013-03/best-rss-readers-use-now-google-reader-dead
• http://lifehacker.com/5990456/google-reader-is-getting-shut-down-here-are-the-best-alternatives
• http://www.asuyatuyolar.org/2010/12/nedir-bu-rss-olay.html

Not:İlk resimde Serdar Dalgıç'dan esinlendim, teşekkür ederim.

Akademik Referans Düzenleme Programları

Blogda şimdiye kadar sadece bir tane akademik referans düzenleme programından bahsettiğimizi fark ettim  Her ne kadar Mendeley kullanmaktan şimdilik memnun olsam da, bahsetmeye değer oldukça fazla seçenek var. Tüm akademik referans düzenleme programının listesine Wikipedia'daki şu sayfadan ulaşabilirsiniz.

Hangi programı seçerseniz seçin, tüm alıntılarınızı ve kaynakçanızı elle düzenlemekten, pdf dosyalarınızı klasörler halinde arşivlemekten büyük ihtimalle daha verimli olacaktır. Referans düzenleme programı seçerken  bence dikkat etmeniz gereken özellikler:

• Makaleleri içe aktarma: Programa makaleleri eklemek kolay mı? Yayınların internet sitelerinden, pdf dosyalarından, bibtex dosyasından makalelerinizi programa kolayca ekleyebiliyor musunuz?
• Makaleleri düzenleme: Makalelerin yazar, dergi bilgilerini otomatik belirlemekte başarılı mı? Otomatik bulunamayan makaleleri elle düzenlemek yeterince kolay mı?
• Referans verme: Referans verme çalışma düzeninize uyuyor mu? Word, Open Office eklentisi var mı? Bibtex dosyasını istediğinizi formatta aktarabiliyor mu? Tek bir bibtex dosyası mı oluşturuyor? Kütüphaneninizi klasörlerle veya etiketlerle sınıflandırabiliyor mu?
• Kaynakça stili: İstediğiniz kaynakça stilini program destekleniyor mu? Stilleri değiştirmek ya da yenilerini oluşturmak kolay mı?
• Şeffaflık/Dışa aktarma: Belki de en önemli özellik bu. Başka bir programa geçmek istediğinizde kütüphanenizi dışa aktarması kolay mı? Kütüphanenizi başka formatlarda (bibtex, xml, vs.) kaydedebiliyor musunuz?

Yukarıda yazdıklarım temel özellikler. Ayrıca, pdf dosyaları üstünde not alma, çalışma grupları oluşturma, kütüphanenizi bilgisayarlar arasında eşleştirme gibi fazladan özellikler de işinizi kolaylaştırabilir.

EndNote:

EndNote Thomson Reuters'ın paralı bir uygulaması. Kişisel lisansı  oldukça tuzlu (113$), ancak okulunuzun toplu lisansı varsa ne ala.

Aslında EndNote oldukça kapalı bir program, ancak oldukça fazla kullanıcısı var. Kapalı olmasından dolayı hiç ısınamadım. Zaten üstüne Zotero'ya dava açınca iyice soğumuştum.

Diğer taraftan, Microsoft Word eklentisi genelde sorunsuz çalışıyor, birçok kaynakça formatını destekliyor. EndNote içinden doğrudan makale araması (belli kaynaklarda) yapılabilmesi de güzel bir özellik. Eğer okulunuzun lisansı varsa, tezinizi Word ile yazıyor, tezim bitince de akademiydi, referanstı işim olmaz diyorsanız EndNote kullanmayı düşünebilirsiniz.

EndNote'un nasıl kullanılabileceğini aşağıdaki Türkçe alt-yazılı videodan izleyebilirsiniz.

CiteULike:

CiteULike ücretsiz bir web uygulaması (sahibi Springer). Özellikle internetten kaynak bulmakta, bu kaynaklarınızı araştırma grubunuzla paylaşmakta oldukça başarılı. Öğrencilerinize okuma listesi önermek gibi işler için de kullanışlı olabilir. Ayrıca kütüphanenizdeki makalelere göre ilginizi çekebilecek makaleler de öneriyor. Her ne kadar referanslarınızı .bib olarak aktarabilseniz de, makalelerin pdf dosyalarını arşivlemek veya bunlar üstünde not almak istiyorsanız başka seçeneklere baksanız daha iyi olur.

JabRef:

JabRef en eski referans düzenleme programlarından birisi. Açık kaynak kodlu olması ve şeffaflığı büyük artı. Eğer kütüphanenizi basit ve sağlam bir arayüzle hazırlamak, makalelerinizi Bibtex/LaTeX ile yazmak istiyorsanız, JabRef aradığınız program olabilir.

JabRef'i denemek isterseniz şu linkten yüklemeye gerek kalmadan (Java uygulaması olarak) çalıştırıp göz atabilirsiniz.

Zotero:

Zotero Mendeley'le boy ölçüşebilecek üstelik açık kaynak kodlu oldukça güzel bir program. Şimdiye kadar blogda Zotero hakkında yazı yazmamış olmak da benim ayıbım olsun. Zotero'yu en son Firefox eklentisiyken kullanmıştım, ama artık birçok ekstra özelliğiyle ayrı bir program olarak da kullanmak mümkün.

CiteULike'in makale arama ve paylaşma kolaylığı Zotero'da da var, Üstelik Mendeley'deki gibi pdf üstünde notlar alabilirsiniz. Microsoft Word, Open Office, bibtex , xml eklentileri mevcut. Üstelik alıntılarınızı Google dokümanlarınıza yada e-maillerinize de kolaylıkla koyabilirsiniz.

Zotero'nun ücretsiz opsiyonuyla 300 MB'a kadar olan veriyi bilgisayarlarınız arasında eşleyebilirsiniz. Ancak oldukça uygun fiyata (2 GB yıllık 20$) kapasiteyi arttırabilirsiniz. Ayrıca Zotero sunucuları dışında kendi seçeneklerinizi de kullanabilirsiniz (Mendeley bu konuda daha kısıtlayıcı).

Şu haliyle Zotero burada anlattıklarım arasında en cazibi görünüyor. Firefox eklentisinin Türkçe desteği de var. Kesinlikle denemeye değer.
Şu sayfada Zotero hakkında detaylı bir bilgilendirme yazısı bulabilirsiniz.

ReadCube:

ReadCube görece yeni ama iddialı bir referans düzenleme programı. ReadCube'dan Berna'nın yazdığı yorumla haberim oldu. Arayüzü oldukça basit ve çekici görünüyor. ReadCube'ın getirdiği yeniliklerden biri makaleleri geliştirilmiş pdf modunda gösterebilmesi. Şu linkten bir örneğini görebilir, programın arayüzüne göz atabilirsiniz. Bu moddayken makaleye metin olarak ulaşabildiğiniz gibi, makalenin içindeki referanslara ve yazar isimlerine tıklayarak alakalı makaleleri de görebiliyorsunuz. Üstelik makalenin altı alıntı sayısı gibi istatistiki bilgileri de gösteriyor.

EndNote'da olan doğrudan program içinden dergilerde arama yapma özelliği (üstelik doğrudan Google Scholar'da arama yapabiliyorsunuz) ve CiteULike'daki gibi gruplar oluşturma özelliği mevcut.

ReadCube henüz beta aşamasında ve Linux sürümü yok. Adobe Air üstünden çalışması da benim için eksi puan. Bilgisayarlarınız arasında eşleştirme özelliği de henüz yok (ama yakında çıkacakmış). ReadCube takip edilmeye değer, ilerde ismini daha sık duyabileceğimiz bir program.

Colwiz:

Colwiz Oxford üniversitesi tarafından geliştirilen oldukça yeni (şimdilik) ücretsiz bir program. Colwiz diğer programlardan farklı bir strateji izliyor ve sadece referansları düzenlemek yerine, araştırmacıların ve araştırma gruplarının tüm ortak aktivitelerini tek platformda toplamayı amaçlıyor. Colwiz'de ortak takvim programı, dropbox benzeri bulut depolama (2GB), tartışma forumları, yapılacak işler listesi oluşturma, gibi birçok farklı iş bir programa sığdırılmış. Bir nevi entegre organizasyon programı.

Arayüzü güzel görünüyor. Linux, Mac ve Windows uygulaması olduğu gibi, internetten veya Iphone, Android uygulamalarıyla cepten ulaşmak da mümkün.Bu kadar karpuzu bir koltukta taşımayı becerebilirlerse, araştırmacıların alışkanlıklarını oldukça değiştirecek güzel bir program olabilir.

Atladığım, faydalı olabileceğini düşündüğünüz programlar varsa yorumlara yazıverin.

Akademisyenin İnternet Rehberi: Proje Yönetimi

İster küçük bir grupla çalışın ya da çok büyük projede, ekip üyeleri arasındaki iletişim için email'den daha etkili yollar var. Eğer sadece dokümanlar üstünde çalışacaksanız Doküman Yönetimi yazısına bir bakmanızı tavsiye ederim (özellikle versiyon kontrolü kısmına).
Bu yazıda proje yönetimi seçeneklerine bakacağız. Proje yönetimi konusunda internette tonla seçenek var. Bunlardan belki de en meşhuru Basecamp ki onun bile onlarca eşleniği var. Benim gözüme çarpan seçeneklerden bazıları şunlar:

Trello:

Eğer proje yönetiminin isminden bile haz etmiyorsanız, bana daha basit birşeyler lazım diyorsanız Trello size göre. Trello proje yöneticisinden daha çok yapılacak işler planlayıcısı. Arayüzü çok kolay ve sanki bir mantar pano gibi. Tabi asıl güzelliği bu panoları proje arkadaşlarınızla paylaşabilmeniz ve ortak düzenleyebilmeniz. Özellikle konferans, toplantı gibi işlerin ya da öğrenci projelerinin organizasyonlarında bence çok faydalı olabilir. Üstelik mobil uygulaması da var.
Yapılacak işlerinize süre, etiket, dosya ekleyebilir, sonra bunlara göre sınıflandırabilirsiniz.

Trello'ya alternatif olabilecek diğer bir program ise Pivotal Tracker.  Özellikle yazılım projeleri için geliştirilmiş. Büyük bir projeyi ufak işlere bölüp, takibini kolaylaştırıyor. Üstelik, öğrencilere ve kişisel kullanıcılara ücretsiz.

FreedCamp:

Bedava proje yönetimi yazılımları arasında en kapsamlılarından birisi. BaseCamp'e alternatif olarak düşünülmüş. Web arayüzü başarılı ve anlık mesajlar, proje izinleri ile büyük projeleri kolaylıkla organize edebilirsiniz. Facebook benzeri duvarıyla, projede yer alanlar arasındaki iletişimi de kolaylaştırıyor.
Aynı anda birden fazla proje desteği mevcut. Üstelik geçmiş projelerinizi bir sonrakiler için şablon olarak da kullanabilirsiniz.

Temel sürümü bile oldukça kapsamlı olsa da programı ekstra modül (wiki, fatura vs.) ya da disk alanı satın alarak geliştirebilirsiniz.

Binfire:

Binfire oldukça kapsamlı bir proje yöneticisi. 2 proje ve 2 GB'a kadar  ücretsiz sonraki hesaplar aylık 10 $'dan başlıyor.
Özellikle proje üyeleri uzakta olan geniş projeler için kullanışlı özellikleri var. Mesela, dokümanlar üstüne not alma, karalama tahtası, grup chat, zaman çizelgesi.

Asana:

Asana 30 üyeliğe kadar ücretsiz ve bedava sürümünde tüm özelliklere ulaşabiliyorsunuz. Site daha çok projede görev atama üstüne kurulu. Arayüzü oldukça akıcı ve klavye kısayolları ile birçok işi hızlıca yapabilirsiniz. Ayrıca mobil uygulaması da oldukça güzel duruyor. Ekibiniz 30 kişiden azsa deneyebilirsiniz.

 

Redmine:

Eğer proje yönetimi işleri için açık kodlu birşeyler denemek ve aracı şirketler yerine programı kendi sunucularınızda çalıştırmak isterseniz, Redmine akla gelen ilk seçenek.
Wiki oluşturma, iş planı ve en önemlisi versiyon kontrolü (SVN, Git) sistemleriyle eşleştirme özellikleri ile oldukça kapsamlı bir proje yöneticisi. Üstelik dosyalarınız kendi sunucularında olacağı için, disk alanı, dosya güvenliği konularında daha rahat olabilirsiniz.
Demo projelere şu linkten (sağ tarafta) bakabilirsiniz. Program açık kaynak olduğu için eklenti seçenekleri de oldukça fazla.
Ayrıca Collabtive adlı açık kaynak yazılıma da bir göz atabilirsiniz.

Son Söz:

Eğer bu seçenekler sizi kesmediyse bir de Zoho ya da TeamLab' ya da TeamBox'a a bakabilirsiniz. Hangi yazılımı kullanırsanız kullanın, email trafiğinden daha verimli olacağı kesin. Proje yönetimine ek olarak bence her araştırma grubunun olmazsa olmazı versiyon kontrol sistemi altında tutulan bir doküman havuzu. Bu konuda da detaylı bir yazı yazmayı planlıyorum.

Unuttuğum, sizin gözünüze çarpan seçenekler varsa yorumlara yazabilirsiniz.

Akademisyenler ve Üniversite Öğrencileri için Linux Sürümleri

Yıl 2013 olmuş, hala Linux'dan korkup baba yadigarı Windows'da çakılı kaldıysanız bu yazı sizin için.

Linux'un yeni başlayanların kafasını karıştıran işlerinden biri binlerce Linux sürümünden birisini seçmek. Bu soruya kısa cevabım Ubuntu. Ubuntu en sık kullanılan sürümlerden birisi ve program desteği oldukça güzel. Üstelik aşağıdaki gibi bir Türkçe kaynak elinizin altındayken, aklınıza takılan her soruya cevap bulabilirsiniz. Mesela, Windows'dan Ubuntu'ya geçiş yazısı yeni linux kullanıcıları için şahane bir yazı olmuş.

Neyse bu yazıyı asıl yazma amacım, üniversite öğrencilerinin ve akademisyenlerin işine yarayabilecek birkaç Ubuntu sürümünden bahsetmek. Evet Ubuntu'nun da yüzlerce versiyonu var. Geniş bir listeye şuradan ulaşabilirsiniz. Çeşitlilik hakkında fikir vermesi açısından ubuntu satanist versiyonu bile mevcut.

Aslında ubuntu'nun standard sürümüyle başlamanın bir mahsuru yok. İşinize  yarayan programları tek tek yükleyebilirsiniz. Tek yapmanız gereken ubuntunun paket yöneticisinde programları aratmak. Mesela akademisyenlerin işine yarayabilecek programların bir kısmına şuradan göz atabilirsiniz.
Ama işe yarar programların hazır kurulmuş, açtığınız anda kullanmaya başlayabileceğiniz sürümler de var.
Benim önereceklerim:

Öğrenciler İçin: Uberstudent

Uberstudent sürümünde gerçekten bir üniversite öğrencisinin işine yarayacak bir çok program düşünülmüş. Onlarca pdf, sunum, döküman hazırlama programı. Mendeley ve Zotero, LaTeX ve editörleri, Google araçları, şablonlar, not alma uygulamaları.

Üniversite hayatınıza katkı yapacak en güzel işletim sistemlerinden birisi, vakit kaybetmeden bir deneyin derim. Sadece öğrenciler değil, bilgisayar simülasyonu gibi işlerle uğraşmayan akademisyenler için de oldukça kullanışlı. Windows'dan çok daha faydalı olacağı kesin.

Son sürümünü şu linkten indirebilirsiniz, üstelik kurmaya gerek yok DVD'den doğrudan çalıştırıp deneme sürüşü yapabilirsiniz.

Mühendisler İçin: CAE Linux

CAE Linux ile birçok ücretsiz mühendislik programına erişebilirsiniz. Bilgisayar çizim programları, sonlu eleman analizi programları (Salome, Elmer), CFD programları (Open-foam) ile birçok mühendislik uygulamasını kolayca yapabilirsiniz. Ayrıca biyomedikal uygulamaları, matematiksel programlar (Octave, Python) da mevcut. Tüm uygulamalara şu linkten ulaşabilirsiniz.

Üstelik CAE Linux'u Amaxon Cloud üstündeki bilgisayarlarda da çalıştırabilirsiniz. Normal bilgisayarlarla haftalar sürecek analizlerinizi birkaç saat içinde bitirebilirsiniz. Detayları şurada.
Yoksa siz hala crack Autocad, Matlab kullanmakla mı uğraşıyorsunuz?

Araştırmacılar İçin: Poseidon Linux

Poseidon Linux daha çok doktora öğrencilerini ve akademisyenlere yönelik. İçinde birçok analiz programı var. Matematikten, jeolojiye, istatistikten, kimyaya birçok alan için faydalı program sürüme eklenmiş. Ubuntu'nun nisbeten biraz eski sürümünü(10.04) kullanıyor olsa da, daha stabil bir işletim sistemi isteyenler için güzel. Poseidon ile gelen belli başlı paket listesine şuradan bakabilirsiniz.
Alanınızdaki açık kaynak programlardan haberdar olmak için bile göz atmaya değer.

Biyologlar İçin: Bio-Linux

Bilimsel linux sürümlerinden en başarılarından biri de Bio-Linux, hakkında Nature'da makale bile çıkmış. Ubuntu'nun güncel sürümü (12.04) üstüne kurulu. Bio-linux'da 500 civarı programla birlikte, biyologlar, özellikle biyo-informatik alanında çalışan araştırmacılar için çok geniş bir kütüphane sunuyor. Tam program listesine şuradan ulaşabilirsiniz.
Gene güzel özellikler olarak yüklemeye ihtiyaç duymadan usb veya cd'den çalıştırma, Amazon sunucularında çalıştırma filan var.

Bu kadar çeşitli linux camiasında sizin de ihtiyaçlarınıza cevap veren bir sürüm mutlaka vardır. Eğer araştırmacıysanız veya üniversite öğrencisiyseniz bir an önce linux öğrenin, pişman olmazsınız.
Peki siz hangi işletim sistemini kullanıyorsunuz? Linux kullanıcısıysanız hangi dağıtımı tercih ediyorsunuz?

Herkesin Bilmesi Gereken Klavye Kısayolları

Bilgisayarda çalışırken ikide bir eliniz fareye gidiyorsa, klavye kısayollarını yeterince kullanmıyorsunuz demektir. Hem bileğinize zarar, hem de elleriniz hazır klavyedeyken birkaç tuşla çoğu işlemi çok çok daha hızlı yapabilirsiniz.

Hemen her programın klavye kısayolları vardır. Tavsiyem bu kısayollarını öğrenmek için biraz vakit harcamanız. İlk başta vakit kaybı bile görünse de sonradan çok  faydasını göreceksiniz.

Aşağıda sık sık kullandığım bazı kısayolları listeledim.

Genel:

Alt + Tab : Programlar arasında geçiş yapın.
Ctrl + A : Herşeyi seçin.
Ctrl + X, Ctrl + C,  Ctrl + V : Eh artık, bunu da biliyorsunuzdur herhalde.
Ctrl + O : Bir dosyayı açın.
Ctrl + S : Dosyayı kaydedin.
Ctrl + Z : Geri al.
Win + L : Ekranı kilitle.
Win + D : Masaüstünü göster.
Ctrl + Shift + Esc : Görev çubuğu penceresini aç (Windows).
Win + 3 : Görev çubuğundaki 3. uygulamayı başlat (Windows).
F2 : Seçili dosyanın adını değiştir.

Web Tarayıcısı:

Ctrl + T : Yeni sekme aç.
Ctrl + Shift + T : Son kapatılan sekmeyi tekrar aç.
Boşluk: Ekranı aşağı kaydır (uzun yazıları okumak için ideal).
Ctrl + W : Sekmeyi kapat.
Ctrl + Tab : Bir sonraki sekmeye git.
Alt + Sol : Bir önceki sayfaya git.
Ctrl + Enter : Bir adresin başına www sonuna .com ekle.
Ctrl + L : Adres çubuğuna git.
Alt + 3 :  3. sıradaki sekmeye git.

Word:

Artık çok işim düşmedikçe Word kullanmaktan kaçınsam da

Ctrl + Alt + 1 : Satırı Ana başlık yap
Ctrl + Alt + 2 : Satırı Ara başlık yap
Ctrl + Del: Kelimeyi sil
Alt + = : Denklem ekle
Ctrl + Alt + M : Yorum ekle
Ctrl + Aşağı Tuşu : Bir paragraf aşağı in.

PowerPoint:

Eğer buraya kadarki kısayollardan hiçbirini kullanmasanız bile, lütfen bari aşağıdakileri kullanmaya çalışın, sunumlarda madara olmaktan kurtulursunuz. Kaç kişi gördüm, sunumu başlatmak için imleçle koca ekranda sunumu başlatma tuşuna tıklamaya çalışan ya da bir soruya cevap vermek için yüzlerce slaydı tek tek geçmeye çalışan.

F5 : Sunumu başlat.
Shift + F5 : Sunumu kaldığın slayttan başlat.
3 Enter : 3. slayta git.
B: Ekranı karartır/tekrar açar. "." tuşu da aynı işi görür.
W: Yukardakinin aynısı ama beyaz ekran, karanlık odalarda dinleyicileri uyandırmak için ideal. "," tuşu da aynı işi görür.

Pratik yapabileceğiniz birkaç site:

Klavye kısayolları ancak kullana kullana öğreniliyor. Ben genelde ufak kağıtlara yazıp ekranın önüne koyuyorum. Ama pratik yapabileceğiniz program ve sitelerde var. Benim gözüme çarpan ikisi:

• Shortcutfoo: Microsoft ürünlerinden ziyade, vim, emacs, photoshop gibi programların kısayollarının pratiğini yapabileceğiniz güzel bir site. 

• Keyrocket: Keyrokcet bilgisayarınızda çalıştırabileceğiniz bir program. Tam sürümü 60€ olsa da ücretsiz sürümüyle Excel, Outlook, Word ya da PowerPoint'den seçtiğinizle pratik yapabilirsiniz. Word ile tez yazmaya başlayanlar için güzel bir uygulama olabilir.

Makalelerimi Nasıl Listelerim?

Türkiye'deki tezlere ulaşmanın zorluğuyla ilgili yazıları okumuşsunuzdur. Bu gözlemlere katılmakla birlikte, aslında sadece üniversitelerin değil araştırmacıların da bundan sorumlu olduğunu düşünüyorum. Yazarlara özellikle kendi makalelerini erişilebilir yapmakta iş düşüyor. Bu yazıda, yayınladığınız makalelerin listesini ve dosyaları nasıl paylaşabileceğinizden bahsedeceğim.

Yayın Hakkı Meselesi

Çoğu akademisyenin malesef yanlış bildiği konulardan biri dergilerde veya konferanslarda yayınlanan makalelerin telif haklarının tamamının yayıncı kuruluşa  ait olduğudur. Oysa ki yazarlar makalelerini kendi sitelerinde serbestce yayınlayabilirler.
Mesela birkaç telif hakkı dokümanından derlediklerim şunlar:

IEEE

This section provides authors with clear guidance on their rights to reuse the accepted but not published versions of their IEEE-copyrighted papers in various online scenarios, such as:

• On the authors’ personal web sites or on servers operated by the authors’ institution
• In the authors’ own teaching or training duties, or those of their institutions (e.g., course packs, e-reserves etc.)

Elseiver

What rights do I retain as a journal author*?

• the right to make copies (print or electronic) of the journal article for your own personal use, including for your own classroom teaching use;
  
• the right to post a pre-print version of the journal article on Internet websites including electronic pre-print servers, and to retain indefinitely such version on such servers or sites for scholarly purposes

Taylor - Francis

In assigning Taylor & Francis or the journal proprietor copyright, or granting an exclusive license to publish, you retain:

• the right to share on a non-commercial basis with colleagues in print or digital format your "Author's Original Manuscript" (i.e., the unpublished version of the article created by you prior to peer review; formerly a "preprint");
• the right to post on a non-commercial basis your "Author's Original Manuscript" as a digital file on your own website for personal or professional use, or on your institution's network or intranet or website, or in a subject repository that does not offer content for commercial sale or for any systematic external distribution by a third party with the acknowledgment below

Yani kısaca, kendi makalelerinizi başka dergilerde yayınlanmış olsalar bile, kar amacı gütmeden yayınlabilirsiniz. Ancak dikkat edilmesi gereken,  makalenin dergide yayınlanan (logoları filan basılı, derginin sitesinden indirilmiş) halini değil, onlara yolladığınız baskıdan önceki halini kullanmanız gerektiği. Gerçi dergideki versiyonunu kullansanız bile, sırf bu yüzden yayıncı kuruluşun yazarın kendisine de dava filan açacağını sanmıyorum. Zaten açık erişim baskısıyla karşı karşıya oldukları bu günlerde, böyle bir hamleyle imajlarını daha da zedeleyeceklerini sanmıyorum.

Google Akademik

Yayınladığınız makale listesini paylaşmak için en pratik yöntemlerden birisi Google Akademik'de bir profil oluşturmak. Bunun nasıl yapılacağını akademik profiller yazısında anlatmıştım. Benim profilime şu adresten ulaşabilirsiniz. Google Akademik'in güzel yanı yeni makalalerinizi otomatik taraması ve yeni makalelerinizi profilinize eklemesi. Üstelik makalelerinize yapılan alıntıları da görebilirsiniz. Ancak, makalelerinizi doğrudan paylaşamıyorsunuz ve sadece yayıncı kuruluşun sayfasına yönlendiriliyorsunuz. Bu yönüyle açık erişime çok da katkıda bulunduğu söylenemez.

Mendeley

Eğer Mendeley kullanıcıysanız ve Mendeley'de bir internet profili oluşturduysanız, 'My publications' klasörüne koyduğunuz makaleleleriniz otomatik olarak web profilinizde yayınlanır. Örnek olarak profilime şu linkden ulaşabilirsiniz. Bir ara Mendeley pdf dosyalarına ulaşmak için üye olmanızı gerektiriyordu, ancak şu an için öyle bir şey görünmüyor.
Mendeley sitesindeki profilinize yeni makalelerinizi eklemek için tek yapmanız gereken makalenizi 'My publications' klasörüne eklemek.

BibBase + Mendeley

Eğer makalelerinizi Mendeley sitesinde değil de üniversitenizin sayfasında ya da kişisel sayfanızda yayınlamak istiyorsanız bunun için en güzel yollardan biri de Bibbase kullanmak.

Açıkcası bibbase kullanmak için mendeley kullanıcısı olmanıza da gerek yok. Yapmanız gereken makale arşivinizi .bib dosyası olarak bibbase sitesine yüklemek. Bibbase size bu dosyadan istediğiniz sitede kullanabileceğiniz bir sayfa üretecek. Bu sayfaya link verebileceğiniz gibi, kendi sitenize üstelik de css dosyasıyla görünümünü de değiştirerek kolaylıkla ekleyebilirsiniz.
Eğer Mendeley kullanıcısıysanız, şu adresten Mendeley hesabınıza erişim izni verdiğinizde, Mendeley hesabınızdaki makalelere ulaşabileceğiniz bir internet sitesi oluşturulacak. Bu siteyi daha sonra kişisel sitenizde kolaylıkla kullanabilirsiniz. Daha fazla bilgi için Bibbase'in yardım sayfasına göz atabilirsiniz. Gene bibbase ile oluşturduğum profile şu linkden bakabilirsiniz.

Diğerleri

Bunlar dışında gözüme çarpan diğer çözümler:

• Kendi sitenizde, kendi sunucularınızda yayınlamak. Zahmetli olsa da uzun vadede belki de en sağlam ve kontrolün elinizde olduğu seçenek.
• Excibit Citeline MIT'nin geliştirdiği bir altyapı. Gene bibtex dosyasıyla çalışıyor, güzel şablonları var. Mendeley hesabınızla veya Zotero hesabınızla eşleştirmek mümkün
• arxiv.org Makalaleri tek tek yüklemek gerekse de, Latex desteği ve oturmuş altyapısıyla güzel bir seçenek.

Ekran Görüntüsü Alma

Bazen başka yerlerden resim, şema alıntılamak gerekiyor(tabi referans vermeyi unutmuyoruz). Alıntı yaptığınız makalenin pdf hali varsa genelde tercih edilen yöntem ekran görüntüsü almak. Klavyedeki PrintScreen tuşu güzel bir kısayol olsa da ekran görüntüsü almak için önereceğim program Ducklink

Duclink

Ducklink oldukça küçük bir program(Windows & MacOS). Programı kurduktan sonra görev çubuğunuzda yaşıyor. İstediğiniz alanın ekran görüntüsünü alabildiğiniz gibi, ekran görüntüsüne metin, ok filan eklemek de oldukça basit. Kaydettiğiniz şekli doğrudan png olarak kaydediyor.

Inkscape

Ekran görüntüsü almak genelde en basit çözüm olsa da, muhtemelen çözünürlüğü  düşük olacaktır. Daha iyi bir yöntem ise Inkscape kullanmak. Inkscape aslında bir vektörel resim editörü ve programla  çok daha kapsamlı işler yapabilirsiniz. Windows, Mac ve Linux versiyonları mevcut. Portatif sürümü bile var, usb diskinizde taşıyabilirsiniz.
Benim en sık kullandığım özelliği PDF dosyalarına gömülü resim dosyalarına ulaşmak. Bir pdf dosyasını Inkscape ile açtığınızda (eğer pdf düzgün kaydedildiyse), pdf'nin içindeki resimlere ve metinlere doğrudan ulaşabiliyorsunuz. Böylelikle resmin ya da grafiğin ekran görüntüsünü almaktansa, orjinal halini kaydedebiliyorsunuz. Bir deneyin derim.

Nasıl çalışıyorum?

Seyahatlerde yanımda ayırmadıklarım yazısından sonra bari bir de çalışma düzenimden bahsedeyim dedim. Doktora daha devam ettiği için biri okulda biri evde iki tane bilgisayardan çalışıyorum.

Bilgisayar

Laptobum yok. Evdeki bilgisayarım Acer Aspire Revo diye ufacık bir kasa. Hem ucuz, hem az yer kaplıyor. Alırken işletim sistemsiz aldım, boş yere Windows'a para ödemedim.  Bir de 24 inch monitor var, geniş geniş çalışıyorum.
Bilgisayarımda Ubuntu 12.04 kurulu. Ubuntu'nun özellikle paket desteğini seviyorum ama arayüz olarak Gnome 3 kurdum. Okuldaki bilgisayarda ise Scientific Linux 6 ve Windows kurulu.

Klavye-Fare

Mac kullanmayalı artık uzun zaman olsa da, apple klavyelerini seviyorum. Bir ara bileğimde RSI (tekrarlanan zorlama yaralanması) başlamıştı. İlk önlem olarak fareyi sol elimle kullanmaya başladım (sandığınızdan daha kolay 1-2 günde alışıyorsunuz). Bu böyle 3-4 ay gitti ancak daha sonra da sol bileğim ağrımaya başladı. Daha sonra ise trackball aldım. Şimdi ofisteki fareyi sol elimle, evdeki trackball'ı sağ elimle kullanıyorum, derdim kalmadı.
Not almak, hesap kitap yapmak için kullandığım kağıtlarım herzamanki yerinde. Post-it'lerde Vim ve Latex ile ilgili kısa yollar yazılı. Monitörü göz hizama yaklaştırmak için altına kitap koydum. Ayrıca F.lux kullanmayınca da çalışamıyorum artık.

Koltuk

Bilek rahatsızlığından daha bela bir sırt rahatsızlığım vardı.  Daha sonra aşağıda gördüğünüz kneeling chair'e geçtim. İlk başta garip gelse de alışınca oldukça rahat. Arkaya dayanacak bir yeri olmadığından ve dizlerinizi kıvırdığınızdan dik durmanızı sağlıyor. Gerçi bunda da çalışmaya dalınca gene yamuk duruma geçiyorum, benim açımdan çok da mucizeler yarattığını söyleyemeceğim.

İnternet

İnternet tarayıcım Firefox. Yedek olarak da Opera kullanıyorum. Sık kullanılanlarımı, ayarlarımı bilgisayarlar arasında eşleştirmek için Firefox Sync kullanıyorum. Kullandığım eklentiler:

• Adblock (bakınız: Adblock ile reklamsız internet)
• Lastpass (Bilgisayarlar arasında şifrelerimi senkronize etmek için. Bakınız: Şifrem neydi acaba? Aslında Keepass'a geçme planım var)
• Lazarus:
• GreaseMonkey: Hemen hemen her sitenin formatını istediğiniz gibi değiştirebilirsiniz. Userscripts.org sitesinde onlarca kullanışlı eklenti bulabilirsiniz.

 

Mail

Okul mailime Thunderbird ile erişiyorum. Kişisel mail adresim gmail. Thunderbird'de takvim işleri için Lightning ve Google Calendar eklentilerini kullanıyorum. Gelen mesajları filtrelemek için birkaç mail filtresi kullansam da en sevdiğim iki tanesi:

• Bana Ne: Eğer To veya CC kısımlarında doğrudan benim adresim yoksa bana_ne klasörüne gönder.
• Liste: Eğer mail içerisinde "unsubscribe" ya da "üyelikten çık" kelimeleri geçiyorsa liste klasörüne gönder.

Okuma

Üye olduğum siteler, bloglar Google Reader adresime toplanıyor. Artık duruma göre direk Google Reader'dan ya da Lightread ile okuyorum. Daha uzun/keyifli yazıları ise Readability ile Kindle'a yollayım, koltuğa uzanıp rahat rahat okuyorum.

Teknik Programlar

Vaktimin çoğunu tezimle ilgili birkaç program başında geçiyorum. Bunların bir kısmı FEA (sonlu elemanlar analizi) programı. Onun dışında son birkaç yıla kadar sıkı bir Matlab kullanıcısıydım. Matlab kendi içinde güzel bir program olsa da okulun lisans sayısı kısıtlı olduğu için bir süre sonra işimi görmemeye başladı. Onun yerine açık kaynak programlara geçtim. Şu anda Octave, SciPy ve R'ı severek kullanıyorum. Üstelik Octave çoğu matlab dosyamı doğrudan çalıştırıyor. Ayrıca, kodumu lisans kısıtlaması olmadan istediğim yerden çalıştırabiliyor, insanlarla rahatlıkla paylaşabiliyorum. Benim açımdan en önemli avantajı ise kodlarımı okulun bilgisayar kümesinde ve süper-bilgisayarında ya da gerekirse bu canavarda paralel çalıştırabiliyorum. Böylelikle tek Matlab lisansıyla aylar sürecek analizlerimi birkaç saat içinde bitirebiliyorum.

Dosya - Doküman:

Tezimle ilgili tüm işler için versiyon kontrol kullanıyorum (bakınız: Doküman Yönetimi)  Github'ı çok sevsem de, tezim için okulun sağladığı SVN altyapısını kullanıyorum. Dosyalarımı versiyon kontrolünde tutarak yok bilgisayarım bozulcaktı, yok düzenli yedekleme yapayım stresi yaşamadığım gibi, her dosyanın önceki versiyonlarına rahatlıkla ulaşabiliyor, istediğim kişilerle dosyalarımı paylaşabiliyorum. Kesinlikle tavsiye ederim.
Onun dışındaki ıvır zıvır kişisel dosyalar için de Dropbox kullanıyorum.

Metin

Tez ve makalelerimde LaTeX kullanıyorum. Diğer şler için genelde Libre Office kullanıyorum. Latex'i derlemek için latexmk kullanıyorum o da işimi baya kolaylaştırıyor. Referanslarımı Mendeley ile hallediyorum.
Grafik hazırlamak işleri için değişik programlar kullanıyorum. Inskpace, Dia, Tikz sevdiğim uygulamalar.

Metin editörü olarak Vim kullanıyorum. Vim biraz cins bir program. Açıkcası ben programın ününü duyup daha önceden iki kez kullanmayı denedim ama her seferinde bu ne gıcık bir şeymiş deyip bıraktım. Üçüncüde kendimi zorladım ve kullanmaya devam ettim. Alıştıkça ne kadar güçlü bir metin editörü olduğunu farkediyorsunuz. Eğer sürekli kod yazıyorsanız, ya da metin düzeltiyorsanız ve klavye kısayolları az geliyorsa siz de bir deneyin derim.

Benim işler böyle, peki sizin çalışırken kullandığınız, tavsiye edeceğiniz araçlar neler?